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„Wir erleben regelmäßig, dass Unternehmen die erteilte BSFZ-Bescheinigung als Freifahrtschein verstehen", erklärt Helmut Haimerl, Geschäftsführer der Steinbeis Technologie- & Innovationsberatung GmbH in München. „Das Finanzamt prüft aber nicht, ob die BSFZ die Bescheinigung zu Recht erteilt hat. Es prüft, ob die tatsächlich geltend gemachten Aufwendungen den strengen Anforderungen des Forschungszulagengesetzes (FZulG) entsprechen. Das sind zwei völlig verschiedene Prüfebenen. Bei fehlender Dokumentation droht ein Rückforderungsrisiko von 100 Prozent."

Veranlagungsstelle prüft — nicht nur die Betriebsprüfung

Die Kostenprüfung läuft in der Praxis über zwei Wege: Im Regelfall prüft die Veranlagungsstelle des Finanzamts bereits im normalen Steuerfestsetzungsverfahren die Angaben und die rechnerische Richtigkeit. Bei größeren Unternehmen oder bei Auffälligkeiten schaltet sich die Betriebsprüfung ein und prüft tiefgehend.

In beiden Fällen konzentrieren sich die Prüfer auf drei Kernbereiche:

• Stundenerfassung und Personalkosten: Wurden die Stunden zeitnah erfasst und stimmen sie mit dem tatsächlichen Beschäftigungsgrad überein? Wurden Urlaubs-, Krankheits- und Überstunden sowie nicht förderfähige Aufgaben (wie Bugfixing oder Vertrieb) sauber herausgerechnet?
• Abgrenzung FuE vs. Routine: Sind die bescheinigten Arbeitspakete tatsächlich durchgeführt worden und gibt es belastbare Belege dafür? Wurden Kundenprojekte oder routinemäßige Weiterentwicklungen irrtümlich als FuE deklariert?
• Externe FuE-Aufträge: Für nach dem 27. März 2024 entstandene Aufwendungen sind diese zu 70 Prozent anrechenbar, davor zu 60 Prozent. Die Prüfer kontrollieren, ob schriftliche Auftragsverträge mit klarer Leistungsbeschreibung vorliegen, der Auftragnehmer im EWR ansässig ist und die Zahlungen dem Vertrag entsprechen.

Diese Unterlagen gehören laut ELSTER-Formular zum Antrag

Wie ernst die Finanzverwaltung die Nachweise nimmt, zeigt das aktuelle ELSTER-Antragsformular (Version 8): Antragsteller bestätigen dort per Kenntnisnahme, dass zur Vereinfachung der Bearbeitung und zur Vermeidung von Nachfragen folgende Unterlagen für die geltend gemachten förderfähigen Aufwendungen zusammen mit dem Antrag auf Forschungszulage einzureichen sind:

• Stundenzettel der im begünstigten Forschungs- und Entwicklungsvorhaben beschäftigten Arbeitnehmer.
• Lohnkonten zum Nachweis der angegebenen förderfähigen Lohnaufwendungen.
• Kontennachweise, dass die im Entgelt der Auftragsforschung (falls beantragt) enthaltene Umsatzsteuer nicht als Vorsteuer geltend gemacht wurde.
• Rechnung / Vertrag der Auftragsforschung.
• Gegebenenfalls der (vorläufige) Jahresabschluss (falls vorhanden).
• Die Bescheinigung der Bescheinigungsstelle Forschungszulage (BSFZ).

Aus der früheren Empfehlung ist damit faktisch eine Einreichungspflicht geworden: Wer die Unterlagen nicht von Beginn an vorhalten kann, provoziert Nachfragen — und rückt in den Fokus der Prüfung.

Auftragsforschung: Der unterschätzte Prüfschwerpunkt

Besondere Aufmerksamkeit verdient die Auftragsforschung — also FuE-Leistungen, die ein Unternehmen bei externen Dienstleistern oder Forschungseinrichtungen einkauft. Für nach dem 27. März 2024 entstandene Aufwendungen sind 70 Prozent des Entgelts förderfähig, davor waren es 60 Prozent. Antragsberechtigt ist dabei ausschließlich der Auftraggeber — nicht der ausführende Dienstleister.

Das ELSTER-Formular nennt für diese Konstellation zwei spezifische Nachweise: die Rechnung beziehungsweise den Vertrag der Auftragsforschung sowie Kontennachweise, dass die im Entgelt enthaltene Umsatzsteuer nicht als Vorsteuer geltend gemacht wurde. Hinzu kommt die gesetzliche Voraussetzung, dass der Auftragnehmer seinen Sitz in der EU oder im EWR hat. „Wer Auftragsforschung geltend macht, sollte den Vertrag wie eine Steuerunterlage behandeln", rät Haimerl. „Ein pauschaler Rahmenvertrag ohne konkretes FuE-Arbeitsprogramm hält der Prüfung selten stand — und nachträglich lässt sich das kaum heilen."

Auch die BSFZ selbst nimmt vergebene Aufträge unter die Lupe: Bereits im Bescheinigungsverfahren muss der FuE-Charakter des Auftrags dargestellt werden. Typische Fragen der Bescheinigungsstelle: Welche Entwicklungstätigkeiten führt der Auftragnehmer aus? Welches neue Wissen wird für den Auftraggeber generiert, welches bestehende Wissen auf spezifische Weise angewendet? Ist der Auftrag mit Unsicherheiten verbunden? Und welche eigenen Transferleistungen und anwendungsfallspezifischen Fragestellungen bearbeitet der Auftragnehmer? Wer diese Fragen erst bei der Prüfung beantworten kann, hat sie zu spät gestellt. Die Auftragsforschung ist damit ein doppelter Prüfschwerpunkt: Die BSFZ prüft den FuE-Charakter, das Finanzamt die Kosten.

Die fünf häufigsten Dokumentationsfehler in der Praxis

Aus der Begleitung von mehreren hundert BSFZ-Verfahren seit 2020 hat die Steinbeis Technologie- & Innovationsberatung die fünf häufigsten Fehler identifiziert, die bei Finanzämtern zu Kürzungen oder Rückforderungen führen:

1. Stundenaufzeichnungen fehlen oder sind nicht plausibel. Lohnkonten allein reichen nicht aus. Die Beweislast liegt vollständig beim Antragsteller. Stundenzettel können zwar nachträglich auf Basis vorhandener Belege (wie Git-Commits, E-Mail-Verläufen, Kalendereinträgen oder Dateizeitstempeln) rekonstruiert werden — sie müssen aber plausibel, konsistent und nachvollziehbar sein. Pauschale Schätzungen ohne Beleggrundlage sowie Aufzeichnungen, die erst nach Ankündigung einer Prüfung angefertigt wurden, werden abgelehnt.
2. FuE-Tätigkeiten nicht sauber von Routineaufgaben getrennt. Die Zulage wird nur auf den tatsächlichen, zeitanteiligen FuE-Aufwand gewährt. Typische Graubereiche sind Testing, Qualitätssicherung, technische Dokumentation oder projektbezogene Meetings. Diese sind nur förderfähig, soweit sie direkt dem FuE-Vorhaben zuzurechnen sind. Wer hier pauschal alles erfasst, riskiert Kürzungen und Rückforderungen — verzinst mit 0,15 Prozent pro Monat, also 1,8 Prozent pro Jahr (§ 233a AO).
3. Unzulässige Tätigkeiten und Funktionen in den Stundenzetteln. Finanzämter lesen Tätigkeitsbeschreibungen genau. Geschäftsführer mit umfangreich erfassten FuE-Stunden müssen nachweisen, dass sie technisch-inhaltlich am Projekt gearbeitet haben — Projektsteuerung, Kundengespräche oder Strategie zählen nicht dazu. Auch Einkäufer, Controller oder administrative Managementtätigkeiten machen Aufzeichnungen unglaubwürdig. Haimerl rät zum „Techniker-Test": Würde ein Ingenieur die Beschreibung im Stundenzettel sofort als echte FuE-Tätigkeit erkennen? Wenn nicht, ist sie zu vage und muss überarbeitet werden.
4. Fehlende Projektdokumentation. Anders als bei der direkten Projektförderung verlangt die BSFZ keine Zwischen- oder Abschlussberichte. Das Finanzamt kann im Rahmen der Prüfung jedoch Nachweise für die tatsächliche Durchführung anfordern. Unternehmen müssen daher Testprotokolle, Versuchsergebnisse, Meilenstein-Nachweise, Code-Repositories mit Commit-Verlauf oder Besprechungsprotokolle zu FuE-Themen griffbereit vorhalten.
5. Fallen bei der Gemeinkostenpauschale. Ab 2026 gibt es eine Pauschale von 20 Prozent auf die förderfähigen direkten Projektkosten — automatisch und ohne Einzelnachweis. Doch Vorsicht vor zwei häufigen Fehlern: Erstens gilt die Pauschale nur für Vorhaben, die nach dem 31. Dezember 2025 begonnen haben — laufende Projekte profitieren nicht rückwirkend. Zweitens muss die genaue Berechnungsbasis im Einzelfall sorgfältig abgestimmt werden.

Festsetzungsfrist — nicht zu verwechseln mit Verjährung

Häufig herrscht Unsicherheit über die zeitliche Reichweite einer möglichen Rückforderung. Im Steuerrecht spricht man korrekt von der Festsetzungsfrist nach § 169 AO — nicht von Verjährung.

Die reguläre Festsetzungsfrist beträgt vier Jahre. Sie verlängert sich auf fünf Jahre bei leichtfertiger Steuerverkürzung und auf zehn Jahre bei Steuerhinterziehung (§ 169 Abs. 2 Satz 2 AO). Der Forschungszulagenbescheid ergeht regelmäßig unter dem Vorbehalt der Nachprüfung nach § 164 AO — das Finanzamt kann ihn ändern, solange dieser Vorbehalt besteht, längstens bis zum Ablauf der Festsetzungsfrist. Unternehmen sollten alle Unterlagen daher mindestens bis zum Ablauf der Festsetzungsfrist und solange der Vorbehalt der Nachprüfung besteht aufbewahren — in der Praxis bedeutet das einen Zeithorizont von bis zu zehn Jahren.

[OPTIONALER ABSATZ — bei Bedarf streichen]

Für Geschäftsführer und Vorstände hat das Thema zudem eine persönliche Dimension: Eine leichtfertige Steuerverkürzung ist eine Ordnungswidrigkeit, die mit einem Bußgeld von bis zu 50.000 Euro geahndet werden kann (§ 378 AO). Erkennt die Geschäftsleitung nachträglich, dass ein Antrag unrichtige Angaben enthielt, besteht eine unverzügliche Anzeige- und Berichtigungspflicht nach § 153 AO — sie trifft die gesetzlichen Vertreter persönlich. Wer sie versäumt, riskiert den Vorwurf der Steuerhinterziehung durch Unterlassen.

Was tun, wenn die Betriebsprüfung bereits läuft?

Wenn sich das Finanzamt ankündigt und die Forschungszulage im Prüfungsumfang liegt, rät Helmut Haimerl zu klarem Krisenmanagement:

• Sofortige Sammlung: Alle Stundenerfassungen, Projektunterlagen und BSFZ-Bescheinigungen geordnet zusammenstellen.
• Keine Manipulation: Niemals Unterlagen nachträglich erstellen oder anpassen — das verschlimmert die Situation massiv.
• Offene Kommunikation: Bei bestehenden Lücken in der Dokumentation proaktiv mit dem Prüfer sprechen und gegebenenfalls sachverständige Schätzungen anbieten.

„Wer seine Dokumentation und Stundenerfassung im Vorfeld auf Schwachstellen prüft, handelt vorausschauend", betont Haimerl. „Die meisten Fehler sind nicht böswillig — sie entstehen schlicht aus Unkenntnis der Anforderungen. Und diese lassen sich beheben, bevor das Finanzamt gezielte Fragen stellt."

Service für Unternehmen: Die Steinbeis Technologie- & Innovationsberatung bietet Unternehmen an, ihre Stundenerfassung und Projektdokumentation kostenlos und unverbindlich auf Betriebsprüfungsrisiken überprüfen zu lassen. Weitere Informationen unter: https://steinbeis-beratungszentrum.com/forschungszulage-betriebspruefung/