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Bereits vor Metzgers Akademiezeit wirkte er von 1968-1973 in Ulm als Pfarrer für Weltmission und war damit erster Pfarrer im späteren Dienst für Mission, Ökumene und Entwicklung. Als Akademiedirektor begründete er beispielsweise die Partnerschaft zwischen der Akademie und der Vesper Society in Kalifornien. Und er bemühte sich um das Gespräch zwischen Christentum, Judentum und Islam, indem er gemeinsam mit Volker Metelmann im November 1991 die Tagung „Gott und Krieg im Nahen Osten“ durchführte.

Dr. Günther Metzger trat 1982 die Nachfolge als Akademiedirektor von Paul-Gerhard Seiz (1972-1982) an. Elf Jahre lang lenkte er gemeinsam mit Christoph Bausch (1972-1988), Manfred Fischer (1980-1996) und Godlind Bigalke (1989-2004) in wechselnden Besetzungen als Direktoren-Team die Geschicke der Evangelischen Akademie Bad Boll. Günther Metzger sah die Akademiearbeit durch die „Suche nach der eigenen Identität“ sowie „die Suche nach Sinn und Gemeinschaft, nach Hoffnung auf Veränderung und Zukunft“ geleitet, wie er in einem Aufsatz „Verkündigung in der Akademiearbeit“ in den „aktuellen gesprächen“ 1985 schrieb. Auch das „Gesicht“ der Evangelischen Akademie Bad Boll veränderte sich unter der Leitung von Günther Metzger: Die größte bauliche Veränderung war die Aufstockung des Westflügels und des Bürohauses Anfang der 90er Jahre.

Die Evangelische Landeskirche in Württemberg betrauert ebenfalls den Tod von Günther Metzger als „vielseitige Persönlichkeit“. „Seine weitrechenden Kenntnisse und Kontakte in der Weltmission und Ökumene, in der weltweiten Bibelarbeit, aber auch in der Arbeit bei der Evangelischen Akademie haben ihm ein ganz besonderes Profil gegeben“, so Landesbischof Dr. h. c. Frank Otfried July. Und er blicke auf mancherlei Gespräch und Kontakte mit ihm – u. a. in seiner Zeit als persönlicher Referent des Landesbischofs – gerne zurück.